בשנים האחרונות נאספות עדויות על קבוצות חשובות של דגי סחוס, שככל הנראה שכיחותם במפרץ גבוהה ועושר מיניהם רב, בעיקר מול החוף הצפוני. באזור זה, שזוכה לתשומת לב פחותה במחקר, ניכר שמרבדי עשב הים מתאוששים מאז פונו כלובי הדגים מהים ב-2008. המרבדים משתרעים על הקרקעית החולית ותומכים במינים רבים, ועל כן הם נחשבים מיני מפתח מהנדסי סביבה.

בחוף הצפוני שרדה גם אוכלוסייה יחידה וקטנה של סרטנים מהמין חולון ים סוף. בניטור תועדו כמה מאות מחילות והתגלה שנוכחות האדם מפריעה לסרטנים, וממצא זה מחזק את הצורך בהגנה סטטוטורית של החוף. 

במפרץ נמצאות גם אוכלוסיות קטנות של כמה מיני צבי ים. במיזם שיתוף הציבור שיזמה רט"ג זוהו 9 פרטים של צב ים ירוק ו-14 פרטים של צב ים קרני. אף שכמעט לא נותרו חופים מתאימים להטלה בשל הפיתוח הנרחב, בכל זאת מתועדת הטלה של אחד המינים מדי כמה שנים. 

כאמור, דוח מפרץ אילת עוסק אף במאמצי רט"ג לצמצם את הפגיעה בשונית האלמוגים ממאות אלפי המבקרים הפוקדים אותה מדי שנה, והיא נדרשת לכך בעזרת ניהול המבקרים. עיקר ההסברה והאכיפה מופנה לניתוב המבקרים בשמורות מהחוף אל הים בעזרת גשרים מרחפים מעל שולחן השונית, ובעזרת מסלולי כניסה לים המסומנים בחבל ובמצופים; תיחום אזורי הכניסה והיציאה מהחוף לים ואזורים המותרים בשהייה; ומניעת השלכת אשפה בחופים.

בשמורות הטבע הימיות ניכר שפקחים באזורי קליטת הקהל, העוסקים בהסברה ובאכיפה כאחד, הביאו לידי הפחתה של פגיעות מבקרים בשונית, ומכאן שנודעת חשיבות רבה לאכיפה מוגברת ומתמדת בשמורות.

בתחום הדיג הרשות אוכפת במפרץ את פקודת הדיג ואת נוהל רישיונות דיג, ומאמץ פיקוח ניכר יוחד לשיטות דיג ולמינים מוגנים האסורים בדיג. בפיקוח משולבות פעולות הסברה לדייגים. בתחום החדשנות מקדמת הרשות הקמת שוניות מלאכותיות, שיפחיתו את לחץ הצוללים והמשנרקלים ואת לחץ המחקר על השונית הטבעית. מדי שנה היא מקדמת העתקה של אלפי אורגניזמים ממקומות שבהם נעשות עבודות תשתית למקומות אחרים בים.

עוד על מפרץ אילת: