גל השרפות שהשתולל ברחבי ישראל בנובמבר 2016 פגע פגיעה קשה באזור שמורת טבע כפירה. בארבעה ימים התכלו 14,380 דונם, בהם כ-8,000 דונם בשטחי השמורה. השמורה משתרעת על 8,780 דונם – בין נחל בית חנן בצפון לנחל יתלה בדרום, ובין גדר הביטחון במזרח לעמק איילון-פארק קנדה במערב. ארבעה נחלים חוצים את שטחה: נחל החמישה, נחל יתלה, נחל כפירה ונחל בית חנן. בשמורה ובסביבתה נובעים המעיינות עין נטף ועין כפירה ובליבה שוכן היישוב נטף.

שמורת טבע כפירה מאופיינת בנופי בתות עשבוניות ובחורש. היא משמרת שטח בתה גדול ורציף ואף מיני בעלי חיים, בהם צבי ארצישראלי, אוכלוסיית צבועים וכן אתרי קינון ושטחי ציד של העקב העיטי ושל חיוויאי הנחשים. לשמורה חשיבות רבה במסדרון האקולוגי בהיותה חוליה מקשרת בין הרי יהודה לשפלת יהודה הצפונית. 

 הבדיקות התמקדו בשני בתי הגידול העיקריים שנפגעו – בתה וחורש ים תיכוני – ובהשוואה בין השטחים שנפגעו מהשרפה לשטחי ביקורת שלא נשרפו. תוכנית הניטור הרב-שנתית יצאה לפועל בזכות תקציב של הקרן לשטחים פתוחים. 

תוצאות הניטור בשנים 2018-2017 מלמדות שהשרפה בשמורה הקנתה יתרון למינים שמעדיפים בתה, מפני שצמחים בני-קיימא התאוששו הרבה יותר מהר מהצומח המעוצה. גם חישוף השטחים מסבך צומח צפוף העניק להם יתרון. בחלק מן הטקסונים של בעלי חיים נמצאו הבדלים מובהקים בהרכב החברה בשטחים השרופים לעומת הרכבה בשטחי הביקורת, ונראה כי ההבדלים הבולטים ביותר ניכרו בחורש ובקרב מינים הנקשרים בצומח מעוצה.