במפרץ אילת שונית אלמוגים ומערכות אקולוגיות אחרות בעלות מגוון ביולוגי מהעשירים בעולם, ובהן שיעור גבוה של מינים אנדמיים. האלמוגים במפרץ אילת עמידים לתנאי אקלים משתנים וייתכן שכיום המפרץ הוא מפלט עולמי לשוניות אלמוגים, לאור קריסת שוניות אלמוגים בעולם בעקבות עליית טמפרטורות הימים והאוקיינוסים. למרות זאת הים והחופים במפרץ אילת סובלים ממפגעים רבים. דוח חדש מציג את מצבם של מערכות אקולוגיות ומינים במפרץ אילת, כפי שנמצא בפעולות ניטור ובסקרים ואת פועלה של רט"ג למיזעור הפגיעה במפרץ מגורמי הפרעה ואיומים אנתרופוגניים.

המחנה האקולוגי: בשנים האחרונות נעשה ניטור רב שנתי בשם "המחנה האקולוגי" של בלטי אלמוגים וחברות דגים בארבעה אזורי דיגום שונים הנבדלים ביניהם בין היתר ברמת הלחץ של מבקרים וצוללים. תוצאותיו סיפקו תמונת מצב ומגמות רב-שנתיות, והן מראות שכיסוי האלמוגים בבלטי אלמוגים מתאפיין בעיקר באלמוגי אבן והיה דומה בכל אזורי הדיגום. גם עושר המינים בהם היה דומה ולא השתנה בשנות הדיגום, וככלל הייתה יציבות בבלטי אלמוגים ואף חל בהם שיפור. עם זאת לאחר הסופה הדרומית באביב 2020 ניכרה ירידה בשטח הפנים של הבלטים. בניטור נבדקה גם השפעת מבקרים על אלמוגים ונמצא שפעולות אכיפה חשובות לשמירה עליהם ומקטינות את שיעור השבירה של אלמוגים הנגרם ממבקרים ומצוללים. 

ניטור מרבדי עשב ים: מרבדי עשב הים במפרץ תומכים במינים רבים ונחשבים מיני מפתח מהנדסי סביבה. מיפוי עשב הים במפרץ הראה על שני ריכוזים: האחד מול החוף הדרומי, בתחום שמורות הטבע הימיות, והשני מול החוף הצפוני. במיפוי נמצא גם שמאז 2008 בה פונו מהמים כלובי הדגים שהיו מול החוף הצפוני הולכים ומתרחבים מרבדי עשב הים באזור זה. 

ניטור הסרטן חולון ים סוף: בחוף הצפוני של מפרץ אילת נמצאת אוכלוסייה שרידית יחידה וקטנה של סרטנים מהמין חולון ים סוף. בניטור האוכלוסייה שנעשה ב-2018, 2020 תועדו כמה מאות מחילות. הניטור נעשה בכמה מקטעי חוף השונים זה מזה בריכוז הפעילות האנושית ובאופייה, והוא הראה שנוכחות האדם מפריעה לסרטנים. 

הסדרת הדיג במפרץ אילת: רט"ג אוכפת במפרץ את פקודת הדיג ונוהל רישיונות דיג בעזרת פקח היחידה הימית הארצית ופקחי המרחב הימי. מאמץ אכיפה ניכר יוחד לשיטות דיג מותרות ולמינים מוגנים האסורים בדיג, והם משולבים בהסברה לדייגים. רט"ג גם אוספת מידע על הדיג במפרץ אילת ומתעדת אותו. 

מעורבות במדיניות תכנון: רט"ג מעורבת בתוכניות רבות לפיתוח מפרץ אילת ומציגה בהן את האסטרטגיה שגיבשה לתכנון בר-קיימא, באופן שיענה על צורכי תושבי העיר והתיירות ובה בעת יקטין את הפגיעה במערכות אקולוגיות חשובות. 

מענה לעליית טמפרטורת המים: מחקרים מראים שאלמוגי מפרץ אילת עמידים בפני טמפרטורות מים גבוהות, ועד כה הם לא נפגעו מתופעת התחממות כדור הארץ לעומת שוניות אלמוגים רבות בעולם שחווה בעטיה פגיעה קשה. כדי למנוע נזק לאלמוגים במקרה שטמפרטורת המים תעלה מעל ערך קריטי נערכה רט"ג להצללת השונית בשמורות הטבע הימיות.