רעש שמקורו בפעילות אנושית משפיע ישירות על בעלי חיים ומהווה בעיה קשה. רעש חזק עלול לגרום לתגובות פיזיולוגיות והתנהגותיות שליליות בבעלי חיים, כגון שינויים בדפוסי ערות ושינה, הגברת סטרס, פגיעה בהתמצאות במרחב, ומיסוך קולות טבעיים עד כדי פגיעה בתקשורת קולית יעילה לצורכי הגנה או רבייה. חשיפה ממושכת לרעש עלולה לגרום לבעלי חיים גם להימנע מאזורים רועשים ובתוך כך לשנות את אזורי מחייתם. כשהשפעות אלו מתפשטות לעומק השטחים הפתוחים הן פוגעות במערכות אקולוגיות, ולכן נודעת חשיבות רבה להפחתת זיהום רעש בבתי גידול טבעיים בכלל, ובשטחים מוגנים כמו שמורות טבע בפרט.

שמורות הטבע בישראל משמרות מגוון ביולוגי עשיר ואת כלל התהליכים והתפקודים האקולוגיים הטבעיים והמורכבים המתקיימים בהם. הגנה על שמורת טבע משמעותה גם שמירה על משטר האור הטבעי ביממה (אור–חושך) ומניעת זיהום אור, וכן שמירה על הסביבה הקולית הטבעית מפני זיהום רעש. הסביבה הקולית הטבעית בשמורת טבע מורכבת משני רכיבים עיקריים: גיאופוניה וביופוניה. גיאופוניה היא הקולות המופקים בתהליכים פיזיקליים, כמו משב רוח בענפי עצים, רעמים, פכפוך מים בנחל או טפטוף גשם, והם המחוללים את רקע הקול של הסביבה; וביופוניה היא הסימפוניה הטבעית העולה מסך כל הקולות של יצורים חיים, למשל קולות תקשורת של ציפורים, צפרדעים וחרקים לצורכי חיזור ורבייה, וקולות של עטלפי חרקים או דולפינים לשם ניווט ואיתור טרף. 

ניתן לטפל במפגעי רעש בשטחים פתוחים דרך הבנות עם גורמי הרעש או דרך מניעתם. להלן יובאו שני מקרי בוחן להתמודדות עם מפגעי רעש, אחד מצפון לנחל חימר ואחד במכתש רמון. ב-2004 פיצוצים שנעשו לכריית פוספטים באתר חתרורים שמצפון לנחל חימר יצרו מפגע רעש חריג והפרעה גדולה כל כך לנשרים במושבתם הגדולה בנחל חימר, עד שהם נטשו אותה, וגם מיני עופות דורסים נדירים אחרים הפסיקו לקנן באזור. לאחר מקרה זה הגיעה רט"ג להבנות עם המפעל האחראי לפיצוצים לגבי הגבלתם, והיום חל איסור על פיצוצים במשך כל עונת הקינון של הנשרים. ברוח זו חברות שעוסקות בחציבות מנסות בימינו לפתח שיטות כרייה חדשניות, שאינן גורמות מפגעי רעש לסביבה.