במפרץ אילת מערכת אקולוגית בעלת עושר ומגוון ביולוגי מהעשירים בעולם ושיעור מינים אנדמיים גבוה. עם זאת על הים והחופים מופעל לחץ גדול ממקורות רבים בהם תיירות ודייג, היותו נתיב תחבורה ימי ואזור מעבר של תשתיות לאומיות. שמורות טבע במפרץ מייצגות חלק מצומצם מבתי הגידול בעלי חשיבות לשימור בעוד שתכניות פיתוח רבות בים ובחופים מאיימות על אזורים ערכיים שאינם מוגנים סטטוטורית. רשות הטבע והגנים פיתחה מדיניות לשמירה על בתי הגידול בדגש הכרזת שמורות טבע נוספות וכן עורכת סקרים אקולוגיים ומבצעת פעולות ממשק ואכיפה. כל אלה מובאים בדוח מפרץ אילת