הספירה השנתית מתקיימת בכל שנה בתחילת ינואר, עם תום נדידת הסתיו וטרם תחילת הנדידה באביב, והקורמורנים נספרים בזמן ההתכנסות אל אתרי הלינה בשעות אחר הצהריים, או ביציאה מהם בבוקר. הספירה נעשית בכל אתרי הלינה הנגישים סביב הכנרת ובכל אתרי הלינה הידועים בארץ: עמק החולה, עמק הירדן ועמק בית שאן, עמק זבולון, חוף הכרמל ועמק חפר, דרום מישור החוף והנגב, ואזור אילת. בספירה נבדקים שינויים בפריסת הקורמורנים ובנוכחותם באתרים טבעיים של שיחור מזון – הים והכנרת – והיא חלק מתוכנית הניטור של האוכלוסייה, שמטרתה לבחון את הצלחת פעולות הממשק. 

 

כדי לקבל תמונה ארצית ועולמית מדויקת ככל שניתן על מצב המין, נעשית הספירה מדי שנה בעת ובעונה אחת, ובאותה התקופה שאוכלוסיית המין נספרת בכל רחבי אירופה.