פיתוח מואץ גורם לצמצום שטחי המחיה הטבעיים של בעלי חיים וצמחים. במצב זה הופכים שטחים פתוחים למובלעות טבע סגורות בין השטחים הבנויים, וסיכוייהם של בעלי החיים לפגוש את בני מינם ולהתרבות ולשרוד מתמעטים. לפיכך כדי לכונן שמירת טבע בת-קיימא יש ליצור מסדרונות אקולוגיים – רצפים של שטחים פתוחים שיאפשרו לבעלי החיים לנדוד ולפגוש את בני מינם. לשם כך נקבעה תוכנית מסדרונות אקולוגיים ארצית, המכילה מרחבים מוגנים, המאפשרים לבעלי החיים להתרבות ולהיזון, בהם שמורות טבע, גנים לאומיים, שטחי חקלאות ויערות. 

 כחלק מהגשמת התוכנית הארצית ליצירת מסדרונות אקולוגיים, ובמטרה לפתוח בהם צירי תנועה לתנועת בעלי החיים פועלת רשות הטבע והגנים ליישום התוכנית באזורים שונים. באזור המרכז עוברת תכנית המסדרונות דיוק ופירוט. בבסיס התכנית המחוזית הוגדרו בין היתר אזורי הליבה, צווארי בקבוק ואבני קפיצה. הללו סומנו במפות כחלק מהליך התכנון, ומלווים בהגדרות תכנון במסמך מפורט.

אלא שאין זה עניין פשוט, שכן הפיכת התוכנית לבת-ביצוע מצריכה מהלכים רבים ומורכבים: במישור התכנון הרשות פועלת להכנסת קווי המתאר של המסדרון האקולוגי לתוכניות המתאר, וכן להגדרת הוראות ופעולות ברורות לשם שימור ותפעול השטחים הפתוחים, בין אם בגבולות גן לאומי, שמורת טבע או שטח חקלאי. במישור המעשי נדרש שיתוף פעולה הדוק ועדין עם משרד החקלאות, שכן מרבית השטחים שנותרו פתוחים במחוז מרכז הם שטחי חקלאות. בה בעת נעשית בדיקה מקיפה של איכות השטחים החקלאיים כדי לברר אם אומנם הם משמשים למעברי חיות בר.

 בד בבד עם העבודה במישור הרשויות והחקלאים החלה הרשות בבדיקה ובמיפוי של אתריה שלה, שחלקם מגודרים. גן לאומי ירקון ממוקם בתחומו של ציר חשוב במסדרון אקולוגי הנמתח מאזור ההר לים. ציר זה מקיף את כל נחלי החוף משדרת ההר המרכזית ונמשך משמורת נחל שילה ומגדל צדק, לאורך נחל הירקון ומערבה עד הים. חשיבותו של הציר בכך שהוא מקשר שטחים פתוחים לאורכו של אגן הירקון בין הדום השומרון, נחל שילה, מגדל צדק (ממזרח) ולבין מורד הירקון (ממערב). אולם מרבית שטחו של הגן מוקף גדר בה היו עד לאחרונה מעט מאד מעברים לחיות בר, ורובם היו חסומים.

בשנת 2018 עשה מנהל גן לאומי ירקון יונתן סבלסקי סקר למיפוי מעברי חיות בר במתחם תל אפק בגן לאומי ירקון. בסקר נמצאו כמה מקומות בגדר המקיפה את הגן ששימשו בעלי חיים למעבר, אך רובם היו קטנים למדיי (פחות מ-40X40 ס"מ), לא מתוחזקים וצמחייה סבוכה שהסתירה אותם הקשתה על המעבר והעידה על חוסר השימוש בהם.  בסקר אותרו גם שני מעברים לא מכוונים, שתי פרצות משמעותיות בגדר, שגללים ועקבות שנמצאו בהם העידו שתנים ודורבנים עושים בהם שימוש יום-יומי. מצלמות אקולוגיות שהוצבו ליד הפתחים הללו אימתו שהם אכן משמשים למעבר חיות בר.

 בעקבות הסקר יצרו בתל אפק כ-50 מעברים בגדר, על פי ההמלצות המפורטות במסמך המדיניות "השפעת גידור על שטחים פתוחים – מדיניות והמלצות לפעולה", שפרסם דותן רותם ב-2014. בתכנון ובשיפור המעברים בגדר בגן לאומי ירקון התחשבה רשות הטבע והגנים בחוות דעתו של רותם ופעלה על פי הנחיות המסמך לגידור שטחי מרעה ויערות קק"ל. לפי ההנחיות מומלץ לגדר בארבעה חוטים לכל היותר, ורצוי שהחוטים יהיו ללא "קוצים" כלל. אם קיימת גדר, מומלץ לפתוח בה פתחים או לקבוע את החוט התחתון של הגדר בגובה כ-40 ס"מ מעל פני הקרקע. 

בגן לאומי ירקון חשוב להביא בחשבון גם את היבט שמירת קישוריות ציר הנחל וערוצי הזרימה, כלומר יש להציב את הגדר לאורך הנחל ולא בתוואי שיחצה אותו. כמו כן יש להשאיר מרווח מספק בין הגדר לנחל בשתי גדותיו כדי לאפשר מעבר בטוח של מגוון בעלי חיים מבלי לחשפם לטריפה. 

בעקבות המלצות המסמך ובהתאם למגוון בעלי החיים המצויים בגן, נקבעו המעברים לאורך הגדר המקיפה את גן לאומי תל אפק כשהחוט התחתון בהם מצוי בגובה 50-40 ס"מ מעל לקרקע, ובגודלם של המעברים 50*50 ס"מ, כך שכל בעלי החיים המצויים בגן יכולים לעשות בהם שימוש. המעברים נפתחו במרחק של 30-20 מטרים זה מזה. בסמוך למעברים החדשים הוצבו מצלמות באופן אקראי, למעקב אחרי מעבר השימוש בהם על ידי בעלי החיים. 

בתוכנית העבודה לשנה הקרובה מתוכננת הקמת מעברים בגן הלאומי ירקון גם במתחם מקורות הירקון.